Năm 2005 – 2006, UNDP Hà Nội và SNV (Hà Lan) đã tài trợ Viện Những vấn đề phát triển VIDS (nhóm nòng cốt là tiền thân CECODES) thực hiện dự án “Một xã hội dân sự (XHDS) đang hình thành – Đánh giá ban đầu về XHDS ở Việt Nam”. Nghiên cứu được tiến hành dựa trên phương pháp luận của CIVICUS, một liên minh các tổ chức phi chính phủ (NGO) quốc tế có trụ sở tại Nam Phi, trong khuôn khổ một dự án toàn cầu đánh giá XHDS trên 50 nước. Phương pháp luận đánh giá XHDS của dự án dựa trên một hệ thống gồm 74 chỉ số, phân thành 4 trục của XHDS: Cấu trúc; Môi trường; Các giá trị; và Tác động. Dự án đã hoàn thành và được xem là một công trình nghiên cứu đầy đủ đầu tiên về XHDS ở Việt Nam, và đến nay vẫn được đánh giá là một nguồn tin cậy về XHDS và sự gắn kết giữa XHDS và nhà nước ở Việt Nam.

Năm 2006 – 2007, CECODES đã thực hiện dự án “Quy tắc định hướng cộng đồng: Công cụ giải quyết xung đột môi trường tập trung vào các bãi rác thải ở Việt Nam”, được tài trợ bởi SAREC (Thuỵ Điển) và Bộ Khoa học và Công nghệ (MOST). Mục tiêu chủ yếu của dự án là: Phân tích thực trạng và nguyên nhân dẫn đến nhũng xung đột, phản đối của người dân tại các vùng bãi rác thải; Phát hiện những khiếm khuyết của các chính sách và quá trình thực thi trong quản lý môi trường; Đề xuất những giải pháp giảm thiểu xung đột theo hướng hoàn thiện các chính sách môi trường, đảm bảo sức khoẻ người dân tại vùng bãi rác, đồng thời đảm bảo các điều kiện thuận lợi cho quá trình công nghiệp hoá – đô thị hoá. Dự án đã tiến hành khảo sát tại nhiều địa bàn trong cả nước, bao gồm điều tra hộ gia đình; phỏng vấn sâu các đại diện XHDS; và tổ chức thảo luận nhóm với người dân. Dự án đã đề xuất những giải pháp hiệu quả giải quyết xung đột áp dụng cho các bãi rác thải ở Việt Nam.

Năm 2007 – 2008 CECODES đã tiến hành dự án “Nâng cao vai trò của các tổ chức XHDS trong giải quyết xung đột tại các vùng nông thôn trong quá trình đô thị hoá”, được tài trợ bởi Đại sứ quán Phần Lan tại Hà Nội. Dự án được triển khai dựa trên một giả thuyết nghiên cứu là: Khiếm khuyết của chính sách thúc đẩy sự tham gia của các tổ chức XHDS địa phương là một nguyên nhân quan trọng dẫn đến xung đột trong quá trình thu hồi đất và môi trường ở Việt nam hiện nay. Địa bàn khảo sát của dự án là các tỉnh/thành phố: Hà Nội; Hưng Yên; Đà Nẵng và TP. Hồ Chí Minh. Mục tiêu tổng quát của dự án là đề xuất các giải pháp nâng cao năng lực của các tổ chức XHDS nhằm giải quyết xung đột trong quá trình công nghiệp hoá -đô thị hoá, đóng góp hoàn thiện các chính sách nhà nước trong quản lý đất đai và môi trường theo mục tiêu phát triển bền vững.